Кафедра гистологии, цитологии и эмбриологии МИОГУ существует с февраля 1999 года. В её состав входит курс медицинской биологии и ботаники для будущих провизоров.

Кафедра состоит из ряда учебных кабинетов, оборудованных по музейному типу и посвящённых деятельности А.И Бабухина и Ю. И. Афанасьева, музея истории развития микроскопии, библиотеки, специализированной лекционной аудитории, позволяющей демонстрировать учебные фильмы и гистологическе препараты. Создана научная лаборатория, в которой изготавливают гистологические препараты не только для научных исследований, но и для учебного процесса. С 2004 года при кафедре открыта аспирантура.